Данное обстоятельство может быть обусловлено многими причинами. Одна из них - неоптимальная настройка MS SQL.

Перечислим неоптимальности в настройке:
1) Неправильно указанный сетевой протокол, используемый для взаимодействия 1С с SQL Server. После установки, SQL пытается использовать для связи протокол "Named Pipes", который не обеспечивает быстрый обмен данными. Советуем изменить протокол по умолчанию на "TCP/IP". Изменить протоколы для связи с SQL сервером можно запустив утилиту SQL Server Configuration Manager. Обратите внимание - интересующие нас протоколы расположены в группе SQL Server network configuration. Протоколы из группы SQL native client configuration 1С не использует. Важно! Если программа 1С запускается на том же сервере, на котором запущен SQL-сервер,используйте для связи протокол "Shared Memory". Этот протокол обеспечит максимальную пропускную способность.

2) Включенные опции базы данных "Auto сreate statistics", "Auto update statistics". Данные опции разрешают SQL собирать статистику распределения данных в таблицах, обновляя статистику автоматическим образом. Отключите обе опции, т.к. создание и обновление статистики создает дополнительную загрузку сервера. Создайте задание на создание и обновление статистики, запускающееся в нерабочее время - например ночью.

3) Значение Checksum для опции Recovery->Page Verify. Во многих случаях достаточный контроль ошибок в страницах дисковой памяти обеспечивает значение данной опции - TornPageDetection. В этом случае контроль ошибок в страницах дисковой памяти использует иной вариант, более простой и быстрый нежели при значении опции - Checksum. Значение опции None - хоть и обеспечивает максимальное быстродействие, лучше не использовать, т.к. контроль ошибок страниц дисковой памяти средствами SQL сервера вообще производиться не будет.

4) Включенная опция полнотекстового индекса. Для ИБ 1С данная опция не требуется. Отключите её.