Нашёл такие грабли – когда делаешь параметр списком значений, СКД зачем-то сама в этот список вставляет строку с пустым значением.
Я этот параметр передаю в запрос, и если тип параметра является иерархическим справочником, это пустое значение похоже отбирает любого родителя в иерархии, и как следствие, все значения справочника. Кстати, такой же косяк можно увидеть в отборах, если сделать вид сравнения «в группе из списка» и в список добавить строку с пустым значением.
А так как юзер тупо заполняет этот список подбором, то ему по фигу, что там какие-то пустые значения. Объяснять, что пустых значения в списке надо удалять – бесполезно. Виноват-то программист!
Нашёл, как это лечить, может кому-то пригодится.
Основные правила начислений в ЗУП 
