В интернете полно вопросам по созданию новой последовательности документов и регистрации в ней документов, и так по порядку:
1. Создали новую последовательность
2. На закладке Использование указали регистрируемые документы и регистры движений:
3. Для автоматического регистрирования документов - в свойствах документа должно быть в разделе Данные, поле Заполнение последовательности - автоматически
4. Если указано: Не заполнять автоматически Документы в последовательности не регистрируются сами, для этого в обработку проведения надо добавить код:
Если у последовательности есть Измерение, например Организация, то код:
Документ не регистрируется в последовательности, как зарегистрировать программно? 
