Где в ЗУП можно занести данные о зарплате сотрудников за предыдущие 12 месяцев?

Просто занести нельзя. Можно только сделать начисление з/п за прошлый год, но это исказит взаиморасчеты. Проще ввести вручную через документ корректировка регистров накопления. Регистр ВзаиморасчетыСРаботникамиОрганизации.