У метода системы НачатьТранзакцию() есть параметр, с помощью которого можно указать режим управления.
Следует помнить, что «вложенных» транзакций в системе 1С:Предприятие 8 нет. Также надо иметь в виду, что параметр «действует» только в том случае, если в свойстве конфигурации Режим управления блокировкой данных выбрано значение Автоматический и управляемый. Если для конфигурации установлен режим Автоматический, то все транзакции будут исполняться в автоматическом режиме; если Управляемый, то в управляемом режиме.