Остатки вводятся с помощью инструмента "Остатки отпусков" - специализированная форма списка справочника "Сотрудники".
Можно открыть через меню "Кадровый учет - Учет невыходов - Остатки отпусков"
Далее, по кнопку "Редактировать остаток отпуска" открывается форма ввода остатков. Рекомендую ее заполнять в режиме "Детальный ввод остатков" - будет понятнее.
Остаток по каждому сотруднику надо вводить на дату последнего завершившегося рабочего года. За текущий рабочий год сотруднику необходимо вводит отпуска обычным способом (док-ты "Отпуска организаций" и "Начисление отпуска сотрудникам организации").
Подробно ввод остатков рассматривается в книге из серии Секреты проф. работы в ЗУП: "Организация кадрового учета и управление персоналом".