Если филиал зарегистрирован в справочнике «Организации» в виде отдельной организации, то сотрудника нужно уволить из головной организации и принять на работу в филиал. Если филиал зарегистрирован в справочнике «Подразделения организации» в качестве обособленного подразделения, то сотрудника достаточно переместить в это подразделение со старого места работы документом «Кадровое перемещение».