Обычно ошибка возникает когда в процессе сохранения конфигурации, был сбой. В результате Конфигурация сохранилась не корректно.
1. Попробовать проверить через тестирование и исправление или ChDBFl.exe
2. Посмотрите следующие варианты решения проблемы:

В некоторых случаях помогает полная очистка КЭША, В ОС Windows 7 находиться C:\Users\Администратор\AppData\Roaming\1C\1Cv82 и C:\Users\Администратор\AppData\Local\1C\1Cv82 (Win7x64).

или подробнее:
1. Необходима чистая конфигурация той же версии - рабочая.
2. Очиста кеша полная (указано выше).
3. Запускаем чистую базу в режиме конфигуратора и открываем конфигурацию. При этом 1С создает ее кеш в C:\Users\Администратор\AppData\Local\1C\1Cv82 (набор файлов и папок в папке с ID конфигурации.) так же нам нужен кеш C:\Users\Администратор\AppData\Roaming\1C\1Cv82. Можно просто переименовать данные папки после закрытия 1С.
4. Запускаем наш не рабочую базу в режиме конфигуратора и смотрим кеш. И в результате имеем две папки с ID конфигурации (Живой и Мертвой).
5. Закрываем все и подменяем кеш мертвой конфы на живую полностью. Т.е. удаляем текущую и заменяем ранее переименованной папкой.
6. Запускаем не рабочую базу в режиме конфигуратора И ВОТ первый успех - дерево конфигурации открыто, разделы меню управления конфигурацией активны.
7. Идем в управление поддержкой, и снимаем с поддержки полностью. сохраняем, обновляем. Можно обновить через файл конфигурацией рабочей базы.
8. Удалем кеш полностью.
9. Запускаем не рабочую базу в режиме конфигуратора, пытаемся открыть конфигурацию - все открывается, ошибки нет.
10. Запускаем 1С. Все доступно. Данные на месте.

---

Было такое же сообщение когда динамически обновил конфигурацию центральной базы и сделал обмен на переферийной и на переферийной появилось подобное сообщение.
1. Т.к. в конфигуратор на переферийной вообще не пускался, то пришлось удалить папку C:\Documents and Settings\Admin\Application Data\1C\1Cv81.
2. Зашел в конфигуратор и выбрал Конфигурация - Конфигурация базы данные - Вернуться к конфигурации БД.
3. ГлавныйУзел установил неопределено.
4. Конфигурация - Загрузить конфигурацию из файла (центральная конфигурация).
5. ГлавныйУзел установил необходимый.

---

У меня возникла похожая ситуация, но на 8.1. При динамическом обновлении конфигурации видимо произошел сбой, после чего попытка выгрузить и как Основную конфу и конфу БД при дальнейшей попытке загрузить файл в локальную базу вываливалось "нарушена целостность структуры конфигурации". Но БД работоспособна. Ни тестирование и исправление ни ChDBFl.exe ничего не дали.

Селал бекап рабочей базы и загрузил его в чистую базу. Добавил план обмена
http://kb.mista.ru/article.php?id=7
и создал Начальный образ. В БД образа конфигурация исправилась.

Если не поможет могу посоветовать вариант к которому хотел прибегнуть сам:
1. найти ближайший релиз конфигурации, загрузить его в чистую БД (восстанавливаемую).
2. создать совершенно чистую БД (промежуточную)
3. открыть конфигуратор испорченной БД.
4. скопипастить модули и объекты, в которых происходили изменения с последнего релиза (в моем случае намного проще, поскольку изменения происходили только в модулях и формах, структура данных осталась прежней а все изменения документируются постерами) из испорченной БД в промежуточную.
5. Выгрузить промежуточную конфигурацию.
6. Объеденить ее с восстанавливаемой БД.
7. Выгрузить восстанавливаемую конфигурацию в файл.
8. Загрузить в испорченную БД конфигурацию из восстанавливаемой.

По идее должно получиться максимальное приближение к рабочей базе, но работка конечно не из легких. Но лучше все-таки чем потерять всю базу.

---

Еще один вариант решения проблемы, связанной с повреждением конфигурации поставщика. При обновлении конфигурации, находящейся на поддержке с возможностью редактирования и нарушенной целостностью конфигурации поставщика, может вылетать сообщение:

Мой вариант решения - заменить конфигурацию поставщика нашей базы.
Последовательность действий следующая:
1. Удалить конфигурацию поставщика путём снятия с поддержки(Конфигурация->Поддержка->Настройка поддержки->Снять с поддержки)
2. Создаем файл поставки конфигурации(Конфигурация->Поставка конфигурации->Создать файлы поставки и обновления конфигурации). Файл при этом назовем work файл поставки.cf
3. Объединяем нашу конфигурацию с только что созданным файлом поставки(Конфигурация->Сравнить, объединить с конфигурацией из файла). При этом появится предложение вновь поставить конфигурацию на поддержку
В появившемся окне сравнения конфигураций нажимаем "Выполнить",
4. Обновляем конфигурацию базы данных(Конфигурация->Обновить конфигурацию базы данных).
Поидее, выполняя данные действия, мы реструктуризовали конфигурацию поставщика.
Теперь можно попробовать обновить нашу конфигурацию до следующей версии в обычном режиме.