Для удаления всех элементов справочника можно использовать объект СправочникВыборка.<имя>, с помощью которого осуществлять обход и удаление всех элементов справочника. При этом следует учитывать, что если справочник иерархический, то выборка должна быть также иерархической, так как при удалении элемента удаляются и все его подчиненные элементы. Например:

Код 1C v 8.х

 

Выборка = Справочники.Номенклатура.ВыбратьИерархически();

Пока Выборка.Следующий() Цикл

    Выборка.Удалить();

КонецЦикла;