Для этого используется логический оператор ЕСТЬ NULL функций языка запросов.
Например, допустим, в регистре накопления «ПартииТоваровНаСкладах» мы хотим найти записи, в которых измерение «ДокументОприходования» оказалось такой вот битой ссылкой на «объект не найден». Запрос будет выглядеть примерно так:
Обратите внимание, если в запросе требуется получить ссылку на регистратор регистра накопления, то запрос должен быть построен не к остаткам и не к оборотам, а просто к регистру источник
Как в запросе выполнить отбор по "Объект не найден"