Если временных таблиц много и они висят в памяти не удаленные не очищенные возникает эффект постоянной загруженности сервера 1С:Предприятие как будто этот процесс выполняет все время какой то тяжелый запрос или обработку что сказывается на производительности системы в целом. Временную таблицу нужно удалять как можно скорее после использования.