Почему не получается программно изменить элемент справочника?

С большой долей вероятности - Вы пытаетесь изменять данные в базе данных через объект типа “СправочникСсылка”, а Объекты данного типа позволяют обращаться к реквизитам и табличным частям в режиме “только чтение”.
Чтобы изменить данные в базе данных, нужно получить специальный объект для записи – СправочникОбъект. Это возможно с помощью метода “ПолучитьОбъект()”.
Именно через объект типа “СправочникОбъект” (а также ДокументОбъект, ПланСчетовОбъект и аналогичных) возможно изменение данных в базе данных.